En 1572 llegaron los primeros jesuitas a México y no fue sino hasta 1608 que el padre Juan Fonte comenzó a misionar en los actuales territorios de Chihuahua, fundando la primera misión jesuita: San Pablo de Tepehuanes, en lo que hoy es Balleza, debido a fuertes rebeliones tepehuanas y tarahumares la actividad misional en el estado se frenó y no comenzó de nuevo hasta 1639 con la llegada de los padres José Pascual y Jerónimo de Figueroa el cual fundo la misión de San Felipe Apostol en el actual valle de Zaragoza, siendo hoy el templo de misión más antiguo existente, este sería el inicio y la cabecera del conjunto misional de la baja tarahumara.
De 1648 a 1652, predominaron las rebeliones tarahumaras, las cuales destruyeron la nueva misión del Papigochi y asolaron diversos asentamientos misionales y villas españolas, durante esta época, podemos mencionar como principales cabeceras de misión a San Pablo Balleza, San Felipe, San Francisco Javier de Satevó, San Jerónimo de Huejotitán y algunos otro sitios importantes como San Francisco de Borja, Santa Cruz de Tarahumares, San José Temeychi, entre otros. Estas rebeliones, siendo la mas destructiva la encabezada por el famoso Teporaca, frenaron la avanzada jesuita al norte del estado, la cual no volvió a reanudarse hasta 20 años después, sin embargo las ya existentes se vieron fortalecidas.
En 1673 en una célebre asamblea realizada en Parral, el entonces gobernador de la Nueva Vizcaya; José García de Salcedo, se reunió con diversas personalidades eclesiásticas y gubernamentales, además de líderes indígenas y por supuesto algunos de los jesuitas que habitaban en la Misión de la Tarahumara, para discutir el nuevo desarrollo de esta. Fue el P. Jerónimo de Figueroa el que para entonces contaba con 34 años de trabajo misional y era al momento el superior de dicha misión, quien explico en esta asamblea que la principal causa de las pasadas rebeliones tarahumaras que habían estancado la expansión territorial de los jesuitas, había sido precisamente el maltrato y abuso que daban los egoístas y codiciosos españoles a los indígenas tanto cristianizados como paganos y tomando mano de las mismas indicaciones del Rey de España a todas sus colonias de tratar con dignidad a los indígenas, pidió el apoyo para el nuevo desarrollo de las misiones jesuitas, la pacificación y evangelización de los indios. Al final los acuerdos tomados en esta reunión vinieron a desembocar en la exitosa colonización del resto del estado de Chihuahua.