El origen de la localidad de San Pedro Alcántara data del siglo XVII, siendo una de las misiones franciscanas más antiguos del estado de Chihuahua, pertenece a la provincia de San Francisco de Zacatecas. La primera misión de San Pedro se fundó en el año de 1649, por Fray Jerónimo de Birues y el capitán Juan Munguía y Villela, lleva ese nombre en honor a San Pedro Alcántara. El templo se creó simultáneamente con Nuestra Señora de las Rocas, en Cruces, misión de visita, con el objetivo de evangelizar a los indios Conchos. En el año de 1884 las rebeliones tarahumaras, provocaron la desolación de la zona, además de una fuerte presencia militar. Según lo escrito por Zacarías Márquez, en el siglo XVIII el templo antiguo es completamente demolido por lo que se construyó el edificio existente¹
De manera general, el templo ha sufrido una serie de intervenciones que han representado cambios significativos en su forma, un ejemplo seria la fachada principal, la torre y los inmuebles adosados al templo, construidos con estilos y materiales diferentes, por lo que el conjunto se aprecia desigual subestimando su atractivo histórico y arquitectónico.
En 2019 y 2020 se realizó una propuesta por parte de Misiones Coloniales de Chihuahua en conjunto con el Comité del Templo y la Presidencia Municipal para la recuperación histórica de la fachada antigua del templo.
