A mediados de la primera mitad del siglo XVII el capitán Pedro Perea en compañía del Padre José Pascual habían escogido un lugar llamado Tagúrachic para meter ganado que ayudara en el sostenimiento de las misiones, el templo fue originalmente establecido como una Misión Jesuita en 1639, primero como pueblo de visita de San Felipe y más tarde de Satevo.
Para 1648 ya era una floreciente hacienda abastecedora de semillas y ganado. Durante este mismo año las rebeliones Tarahumaras devastaron el lugar y no fue hasta 1673 cuando los padres Juan Gamboa y Fernando Barrionuevo tuvieron el propósito de fundar una misión ahí, en 1674 fueron seguidos sus esfuerzos por los también jesuitas Tomás de Guadalajara y José Tarda que desarrollaron en la zona todo un nuevo partido misional. En el informe del visitador Ortiz se hizo explicito que la iglesia había pasado por una reconstrucción completa y que en ese tiempo (1678), la misión contaba con una iglesia cómoda y una casa bien montada.
Para 1677 llega como refuerzo el padre Francisco de Celada al que se designa la construcción del actual templo de San Francisco de Borja donde permanecería hasta 1707. En 1735 se llevó acabo la secularización de 22 misiones de los jesuitas de la Tarahumara Baja y a partir de ese momento el sitio misional de San Francisco comenzó su uso por el Clero Diocesano, iniciando una disminución de la población de indígenas y un aumento del mestizaje y la cultura de los ranchos ganaderos hasta que en 1767 cuando los jesuitas fueron expulsados pasando a ser del Clero Diocesano.
Bibliografía: Misiones de Chihuahua s. XVII y XVIII, Zacarías Márquez.
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