San Miguel tiene su origen como Capilla privada de lo que fue la hacienda de San Miguel de los Anchondo de la cual no queda ningún otro resto construido y se tiene una información histórica escasa, desconociendo la fecha exacta se sabe que el templo fue construido a finales de siglo XVIII, lo que lo convierte en una de las construcciones de Hacienda más antiguas del centro y norte del Estado.
El dueño más antiguo del cual se tiene registro es Don Aniceto Anchondo, nieto de Don Juan Matías de Anchondo, uno de los 16 que con Deza y Ulloa fundaron la ciudad de Chihuahua; se sabe que la Hacienda y parte de los terrenos que aún subsisten de ella siempre han sido heredados entre familiares por lo que los dueños actuales son descendientes de la familia Anchondo.
Con excepción de la torre campanario ubicada en la fachada, el templo posee originales la mayoría de sus componentes tanto estructurales como ornamentales, además de la cruz y el muro atrial, lo que lo convierte en una auténtica joya arquitectónica y artística.
