San Juan Bautista está localizado actualmente en el antiguo barrio de Nombre de Dios, fue establecido inicialmente como un punto de descanso, en la travesía de Juan de Oñate en 1592 para el descubrimiento del Nuevo México. El militar y poeta que registro esta travesía fue Gaspar Pérez de Villagrá en su relato conocido como “La historia de la Nueva México, 1610”. Este trayecto lo utilizarían los misioneros y comerciantes durante la época del virreinato, alcanzando la categoría del “Camino Real de Tierra Adentro”, declarado recientemente como itinerario cultural patrimonio de la humanidad por la UNESCO.
Los misioneros franciscanos establecieron en este sitio una capilla, llamada en aquel momento San Cristóbal, la cual dependió primero de la Misión de Santa Isabel y posteriormente a la de San Francisco de Conchos. Para luego convertirse en cabecera y tener sus visitas.
La misión se abandona a mediados del siglo XVII y no es hasta finales del siglo XIX cuando la antigua misión es demolida para dar proyecto a un nuevo templo, el que hoy conocemos actualmente.
La estructura de la cubierta de madera a manera de bóveda ojival que se interceden en un crucero con vigas y rematan con un presbiterio de forma semiesférica, compuesto de pequeñas vigas entrelazadas para formar arcos ojivales de madera, hacen de este templo algo único en la ciudad y podría ser que en el estado tampoco existiera otro templo con la geometría y los materiales utilizados en este.
