Después de la destrucción de las misión de Santa Ana del Torreón tras sublevaciones indígenas, varios indígenas ya cristianizados quedaron dispersos, incluyendo a los denominados Chinarras, es entonces cuando el gobernador de la Nueva Vizcaya don Manuel San Juan y Santa Cruz, persona muy afecta a los jesuitas y propietario de algunas haciendas y estancias cercanas a las tierras de los chinarras, consideró que lo mejor sería poner a estos indios al cargo de un misionero, tomando en cuenta que los jesuitas ya tenían cerca de Chihuahua el Colegio Jesuita de Nuestra Señora de Loreto (de lo que queda únicamente la torre, en el Museo Casa Chihuahua) las haciendas de Dolores y Tabalaopa, el gobernador destino una amplia área de esta última para la creación de la misión de Santa Ana y San Francisco Javier de Chinarras, proyecto que convino a los jesuitas que necesitaban mano de obra para sus haciendas y el Colegio.
Diversos autores mencionan distintas fechas para la construcción del templo que permanece hasta nuestros días de esta misión, 1716, 1717, 1718 son los años propuestos sin que se conozca su fecha de culminación. Su diseño quedo a cargo del renombrado alarife del momento José de la Cruz, mismo que diseño el Colegio y la propia Catedral de la Cd. de Chihuahua, a él debemos la gran belleza y majestuosidad de este templo misional.
Esta Misión estuvo atendida siempre directamente por miembros del Colegio Jesuita en la hoy ciudad de Chihuahua. Después de la expulsión de los jesuitas en 1767, Santa Ana al igual que Tabalaopa fueron confiscados por la Real Hacienda y pasaron al Ramo de la Temporalidad. A partir de ese momento el sitio misional de Santa Ana comenzó su abandono debido a la disminución de la población de indígenas Chinarras.
Existe una laguna de información en el siglo XIX pero según fuentes de tradición oral a principios de siglo XX el edificio estaba en ruinas y convertido en un establo, siendo hasta mediados de este siglo que fue rescatado por particulares quienes con buena voluntad y con la intención de devolverlo al culto, intervinieron el edificio colocándole aplanados a base de cemento y un piso de pasta, acciones que acabaron agravando la condición estructural del edificio que unos años después volvió a quedar en el abandono.
(Fuente: Libro Misiones de Chihuahua Pag.172-174, Zacarías Márquez).